První písemná zmínka o jedné z původních privilegovaných jedenácti chodských vsí je z roku 1325. Jméno obce je odvozeno od „klenů“, horských javorů, které zde rostly. Klenčí leželo na důležité stezce do Bavor (dnes hraniční přechod Lísková – Höll, dále směrem na Waldmünchen). V mírových dobách to byla velmi výhodná poloha, v dobách válečných tažení však Klenčí vždy velmi trpělo. Od roku 1612 zde fungovala celní a poštovní stanice (budova staré pošty). Pravidelné poštovní spojení s Bavorskem je doloženo již od roku 1546. Před Bílou horou byli obyvatelé Klenčí převážně protestanti, situace se změnila po porážce stavů.
Roku 1630 připadly chodské vesnice Lamingenům z Albenreuthu. Katolík Wolf Maxmilián Lamingen (nechvalně proslulý jako Lomikar) se přimluvil u císaře Leopolda, aby povýšil Klenčí na poddanské městečko (1680). To se údajně místním právě nelíbilo, protože kromě udělení znaku a dalších práv museli zároveň platit své vrchnosti vyšší daň. Přitom se ještě nestačili vzpamatovat ze škod, které utrpěli za třicetileté války. Navíc se čerstvým „měšťanům“ ostatní bodří Chodové prý posmívali, jak jsou teď nóbl. Městečko se však začalo rozrůstat. Statut městečka byl Klenčí navrácen roku 2006.
Lomikar je dnes pohřben v kostele sv. Martina v Klenčí. Zemřel roku 1696. Jeho dvě dcery prodaly panství Stadionům již roku 1697.
Roku 1799 protáhla Klenčím Suvorovova vojska na cestě zpět z Itálie. Slavný ruský generál Alexandr Vasilijevič Suvorov v Klenčí v budově pošty přenocoval (pamětní deska).
V 18. a 19. století zažilo městečko rozkvět. Pomohlo dokončení bavorské silnice roku 1822, útlum naopak znamenala nová železniční trať na Domažlice (1861), která se Klenčí vyhnula. Roku 1881 navíc poničil horní část městečka velký požár.
Klenčí je rodištěm řady významných osobností (Jindřich Šimon Baar, Jindřich Jindřich, Jan Vrba). O místním hřbitově Na Soutkách (na jihovýchodním okraji města) se mluví jako o chodském Slavínu. Kromě zmíněných osobností je zde pohřben např. i Matěj Přibek, hostinský z Draženova, známý chodský praporečník. Podle něj vytvořil Jirásek i praporečníka ve svých „Psohlavcích.“
Roku 1829 otevřel Josef Schwarz v Klenčí první hrnčířskou dílnu. Od roku 1835 pracovala v Klenčí Mayerova manufaktura. Proslulí byli i další klenečtí výrobci keramiky, zejména Moravák František Míča a Rudolf Kamenický. Právě pro Míču vytvořil roku 1932 strakonický keramický malíř Havlovič motiv rudých máků na bílém podkladě. Chodská keramika měla a má typické dekory, jde o květinové motivy, zejména červené máky, žitné klasy, chrpy a další polní květiny. Starší byl bílý podklad, později přišel do módy i černý. Výrobci hledali inspiraci např. na výšivkách šátků k chodským krojům.
Za druhé světové války, kdy Klenčí připadlo Říši, bylo městečko vážně poškozeno bombardováním Američany 26. dubna 1945. K dalšímu zpomalení vývoje města došlo po pádu Železné opony, kdy se však ještě v městečku udržela výroba keramiky, krajek a výšivek, průmyslového porcelánu i chodské keramiky (Chodovia). Roku 1990 byl znovu uveden do provozu hraniční přechod Lísková – Höll. Střed městečka je od roku 1995 vesnickou památkovou zónou. Pro krásné okolí je Klenčí také oblíbeným cílem rekreace.
Hora Čerchov (1042 m), nejvyšší vrchol Českého lesa, jehož jméno se objevuje v názvu městečka, je po pádu Želené opony opět cílem výletů, stojí na něm kamenná rozhledna tzv. Kurzova věž, vysoká 25 m. Vznikla v letech 1904 – 1905. Je ve správě Klubu českých turistů z Domažlic. Veřejnosti byla zpřístupněna roku 2000.
